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2007-10-10情報技術基礎I

情報技術基礎I

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第3回 2007年10月10日(水)

情報技術基礎I

 中尾 光輝 かずさDNA研究所

1 プログラミング基礎I

2 プログラミング基礎II

3 プログラミング基礎III

バイオインフォマティクスで扱う生命情報は膨大です。前回、コマンドラインからプログラムを操作する基本を学びましたが、自分で研究をするとき、ちょっとしたデータファイルフォーマット変換ができたり、欲しいデータのみを思い通りに抽出できたりするととても便利です。そのためにはやはり自分でプログラミングができるとよいでしょう。今回はプログラム言語Rubyの基本を学び、バイオデータを自ら操作してみます。

http://training.cbrc.jp/modules/tinyd3/index.php?id=7

もくじ

この講習のあとにはこんなことができるようになります

  1. プログラミング学習のための調査
  2. 塩基配列アミノ酸配列翻訳する
  3. 配列パターン検索する

はじめに

この講義では、90分三コマでバイオインフォマティクス系のプログラミングの基礎を学習します。参加者は、基本的なシャルの操作やテキストエディタの操作が出来ていることが前提です。実習は KNOB (Knoppix for Bio) を利用しておこないます。KNOB には必要なソフトウェアがすべてインストール済みなので、インストールにかかわる手間が省けます。

screenshot

講義は、本ページのコードを実際に実行しながらすすめます。必要なコードターミナルコピーペーストして実行できるように、このページをウェブブラウザで開き、その隣りにターミナルウィンドウを配置しておくと良いでしょう。

プログラミング学習では、道具(ターミナルテキストエディタ)の慣れが学習効果にとても影響します。テキストエディタキーボードに十分なれていると良いでしょう。

プログラミング学習は、強いモチベーションがあると進みます。本講義では、基本的なことを駆け足で紹介するにとどまるので、本講義によってすぐにプログラミングができるようにはなりませんが、プログラミング学習することの道しるべを示すことができればという位置づけ準備しました。本講義のあとに 40 時間ほどかけて、プログラミング言語の入門書を読み、コードを写し、実行することが必要です。そのための助けになる概念形成と必要なドキュメントを紹介します。

You-KeyYou-Key2007/11/17 07:36KNOB をマックOS Xに ダウンロードしたのですが、その後どのようにして使ったら良いのかわかりません。
Parallel virtual system も つかっています。基本的な質問ですみません。

You-KeyYou-Key2007/11/17 13:10すみません。解りました。KNOB2.0.0 を Download してknob-2.0.0.iso になった file をParallel を Double click して出てきたWindow からNew をselectして、さらにTypicalをselect, and Next, OS Type Linux, OS version, Other linux. そして、More Option で、iso file を指定すれば良いのでした。、、、 昨日も、Ruby on Rails の Bruce Tate さんにつまらない質問をして、FirstRule of Kayak: When in doubt, paddle like hell。と言う、email を頂いた所でした。

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